其一，两者形成年代上的区别：
古琴：原名“琴”，亦称“瑶琴”、“玉琴”、“七弦琴”，本世纪初期为了和其他乐器的统称区别，改称为“古琴”，是我国历史最悠久的弹拨类乐器，有实据可考至少形成于3000多年前，古琴是在孔子时期就已盛行的乐器，琴的创制者有"昔伏羲作琴"、"神农作琴"、"舜作五弦之琴以歌南风"等说，作为追记的传说，可不必尽信，但却可看出琴在中国有着悠久的历史。《诗经·关雎》有“窈窕淑女，琴瑟友之”，《诗经·小雅》亦有：“琴瑟击鼓，以御田祖” 等记载。
古筝又名"秦筝"。早在战国的时候筝就已经流行了：“临淄甚富而实，其民无不吹竽、鼓瑟、罄筑、弹筝。”（《战国策—齐策》）。自秦、汉以来从我国西北地区逐渐流传到全国各地，逐渐形成了各具浓郁地方特色的流派。筝的起源主要有四种说法：说法一、相传秦时有婉无义者，将瑟（乐器）传与两个女子，二女要争，引破为二，所以称"秦筝"。说法二：筝筑同源说：在史料上也有不少记录，根据东汉应劭《风俗通》的记载，『筝，谨按礼、乐记，五弦，筑身也』，及同时代许慎的说文解字中也叙述到『筝，鼓弦筑身乐也』。说法三：筝是由秦国名将蒙恬所造或改革而成的，史载：汉应劭《风俗通》『仅按礼乐记五弦，筑身也。今并、凉二州，筝形如瑟，不知谁所改作也，或曰蒙恬所造』。说法四：筝为汉代京房所造，承上述旧唐书音乐志提到：『筝本秦声也，相传云蒙恬所造，非也』其后述是『筝与瑟同而弦少。案京房造五音准如瑟，十三弦，此乃筝也』。
其二，形制上的区别：
古琴琴身以琴面与底板相合而成，琴面系有7根弦，故古称"七弦琴"。琴弦由丝绒绳系住，拴绕于雁足（弦轴）上，属弹拨乐类的"无马乐器"；
古琴由桐木和梓木所制，形体造型颇有典故。琴体总长度为3尺6寸5分（折合约1225mm），以象征一年有365天，琴面呈拱弧形，代表天，琴底平，则代表地，以此印证“天圆地方”之说。古琴共有十三个徵位，装饰以金玉的圆点来标示其泛音音位，演奏时以指触弦，即十三音也。古琴的七根弦系进化演变而来，史书记载，最早期的古琴仅设有五根弦，以象征金、木、水、火、士，周文王为悼念其死去的儿子伯邑考，故增加了一根弦武王在伐纣时，为鼓舞士气，又增添了一根弦，所以古琴又有“文武七弦琴”之称。
古琴的结构颇有分寸讲究，详尽分类有琴额、岳山、承露、起项、琴颈、琴肩、琴弦、徵位、琴腰、龙龈、冠角（焦尾）等。古琴弹奏的时间越长，琴音会越圆润、淳和，若长时间闲置不弹而一朝拾起，其声音会回生而黯然失色，所以有人说古琴善通灵性，便是指此。
古琴常见的造型有伏羲式、仲尼式、连珠式、落霞式、月型式等。主要区别是依琴体的项、腰形制而不同。琴漆的断纹是古琴年代久远的标志。古琴由于长期演奏的振动和木质、漆底的不同，可形成断纹。如梅花断、牛毛断、蛇腹断、冰裂断、龟纹断等，有断纹的琴，其琴音清淳、明澈，外观美观，所以更显名贵。
古筝则由框板、面板和底板构成。最早的筝为5根弦，战国末期发展成12弦，隋代13弦，清代16弦，上世纪60年代为21弦，近年也有增加到 24－26弦的筝。琴弦均匀排列于筝面上，每根弦均由人字形的弦马支起，属于弹拨乐类的"有马乐器"。从乐器形制、制作工艺与构造上来说，今天的筝已与古时的筝有较多区别。
目前古筝的统一规格为：1.63米，21弦。古筝的面板大多数采用桐木制造，框架为白松，筝首、尾、四周侧板有红木、老红木（缅酸枝）、金丝楠木、紫檀等名贵木材，古筝的音质取决于面板和琴弦，周边用料对古筝的音色略有改善，以老红木、紫檀、金丝楠木为佳。早期到近代也有过12、13、18、 23、25弦等，不同地区的筝又有多种定弦法，筝的新种类还有“蝶式筝”、“转调筝”等。
其三，音域、音色、表现力上的区别：
古琴虽只有七根弦，但一弦多音，其音域宽达四个多八度，借助面板上的十三个"琴徵"，可以弹奏出许多的泛音和按音。音色含蓄而深沉，古朴而典雅，表现力富有内涵，异常丰富，故古时被文人雅士列为"琴、棋、书、画"之首；个人感觉在艺术表现上属于写意类。
而古筝基本上是一弦1－2个音，同一弦中移动弦马（柱），可以调作音高，音域宽广，音量宏大，音色淳厚优美，悠扬悦耳，表现力丰富而形象。
其四，曲谱上的区别：
古琴琴谱自成一格，古时多用"文字谱"，到了唐朝后多用“减字谱"；减字谱相传为唐代曹柔据文字谱简化、缩写而成。减字谱的每一字块为由汉字减少笔画后组合而成的复合字。这种谱式主要只记指法动作和弦序、徽位而不记音高和节奏，所以是属于指法谱。
而古筝古时多用"工尺谱"，现今多用"简谱"、"五线谱"。
其五，流派上的区别：
古琴的流派主要按地域分：著名琴派有浙派、虞山派、广陵派、中州派。近代有浦城派、泛川派、九嶷派、诸城派、岭南派、武夷派、虞山吴派、管派等。
古筝分为山东筝、河南筝、潮州筝、客家筝、浙江筝、福建筝、内蒙筝（即雅托葛）、朝鲜族的伽揶琴（即延边筝）和被称为真秦之声的陕西筝九个流派。
目前古筝的统一规格为：1.63米，21弦。古筝的面板大多数采用桐木制造，框架为白松，筝首、尾、四周侧板有红木、老红木（缅酸枝）、金丝楠木、紫檀等名贵木材，古筝的音质取决于面板和琴弦，周边用料对古筝的音色略有改善，以老红木、紫檀、金丝楠木为佳。早期到近代也有过12、13、18、 23、25弦等，不同地区的筝又有多种定弦法，筝的新种类还有“蝶式筝”、“转调筝”等。
其六，演奏方法上的区别：
古琴的弹奏，多称为“抚琴”，以左手按弦，右手拨弦。右手基本指法有：勾、剔、抹、挑、托、擘、打、摘等。左手基本指法有：吟、猱、绰、注等等。弹奏时，右手能够同时拨动两根琴弦作和音。在右手拨弦、左手按弦取音时，可作往复摆动的“吟”、“猱”和上滑音“绰”、下滑音“注”等多种技巧奏法，从而形成古琴所特有的演奏风格。古琴的琴音有三类：散音、按音、泛音。
古琴的弹奏还有很多琴道、琴德方面的讲究，因此自古以来琴家们往往都操守五不弹之原则。即：其一，疾风甚雨不弹。疾风声枯，甚雨音拙，所以不弹。其二，于尘市不弹。这是因为尘市喧闹，噪杂不静，俗气又重，故与琴文化精神相违。其三，对俗子不弹。市井粗俗之人，不解雅趣，不识风情，难体琴道之妙，自然不为知音。其四，不坐不弹。因操琴须气定神闲，不可有浮躁之气。所以琴家不能立而弹琴。其五，衣冠不整不弹。琴家操琴时，须洁净身心而穿着宽松舒适的衣服。如《红楼梦》第八十六回“若必要抚琴,先须衣冠整齐,或鹤氅,或深衣,要如古人的仪表,那才能称圣人之器,然后盥了手,焚上香,方才将身就在榻边,把琴放在案上,坐在第五徽的地方儿,对着自己的当心,两手方从容抬起,这才身心俱正.还要知道轻重疾徐,卷舒自若,体态尊重方好。”
而古筝常用演奏手法采用右手大、食、中三指拨弦，弹出旋律和掌握节奏，用左手在筝柱左侧顺应弦的张力、控制弦音的变化，以润色旋律。筝的指法颇多，右手有托、劈、挑、抹、剔、勾、摇、撮等，左手有按、滑、揉、颤等。古筝的传统演奏手法到了近代有了新的突破，1953年赵玉斋先生创作了《庆丰年》，解放了左手，曲调上运用复调的手法，采用了左右手交替和多声部演奏手法，大大丰富了演奏技巧，使古筝的演奏技术得到一个突破性的发展。1965年，王昌元成功创作出古筝曲《战台风》，《战台风》的出现，使古筝的演奏的技术、技巧，又进人了一个新的高度，从而结束了古筝只能轻弹慢揉的时代，此曲中的扫摇四点、密摇、扣摇、刮奏及使用无效区的噪音来制造台风效果等技法,都是创新技法,提高且丰富了筝的表现能力。上世纪70年代，赵曼琴在演奏实践中,创造使用了双弦过渡滑音、和弦长音、快拨及1/5泛音等新技巧。并突破传统的八度对称模式,创立了由轮指、弹轮、弹摇等几十种新指序构成的"快速指序技法体系",使筝不须改变定弦即可单手演奏五声、七声及变化音阶的快速旋律,为筝由色彩乐器进入常奏乐器行列奠定了坚实的基础，代表作品有《打虎上山》、《井冈山上太阳红》等。
其七，代表曲目：
古琴的代表曲目最古远的是《碣石调.幽兰》一曲，描写孔子不得志以空谷幽兰自喻，据今已有1400多年。还有《广陵散》、《潇湘水云》、《梅花三弄》等，现存琴谱约有数千首之多。不同版本的曲目共有三千多首、不同曲名的有六百多首，我国史籍记载有琴师伯牙和钟子期高山流水遇知音的传说，以及"三国"中孔明巧施空城计，操琴退司马十万大军的故事，说的都是古琴而非古筝。１９７７年，美国宇航局为了探索外太空生命，发射了“旅行者号”探测器，探测器上搭载了一张金唱片，意在向有可能存在生命的星球传递人类的信息。金唱片中，就录制了我国已故著名古琴演奏家管平湖先生演奏的琴曲《流水》。当年管平湖先生所用的古琴，是一张宋代古琴“凤鸣”。
古琴的代表曲目多为古曲，有：《高山》《流水》《阳春》《白雪》《梅花三弄》《平沙落雁》《广陵散》《潇湘水云》《渔樵问答》《捣衣》《凤求凰》《阳关三叠》《酒狂》《关山月》等等。
古筝的代表曲目有《渔舟唱晚》、《寒鸦戏水》、《出水莲》、《锦上花》、《秦桑曲》、《春江花月夜》、《渔舟唱晚》、《满江红》、《步步高》、《瑶族舞曲》、《伊犁河畔》、《百花引》等。